Лаборатория параллельных вычислений 

Деятельность лаборатории параллельных вычислений Межвузовского научно-исследовательского центра по теоретическому материаловедению заключается в создании и дальнейшем развитии вычислительного кластера «Цеолит», оптимизированного для решения вычислительных задач квантовой физики и химии кристаллов, что включает в себя:

  • планирование закупок вычислительной техники, сетевого, электротехнического и охладительного оборудования, контроль выполнения заявок и монтажных работ;
  • монтаж, подключение, тестирование, диагностика серверного и сетевого оборудования, взаимодействие с поставщиками по вопросам гарантийной замены;
  • установка, настройка и обновление встроенного (firmware), системного (ОС) и вспомогательного (системы управления ресурсами и мониторинга загрузки кластера) программного обеспечения (ПО);
  • установка, настройка, при необходимости — компиляция и оптимизация прикладного ПО (программ, библиотек);
  • консультативная помощь использующим кластер сотрудникам в организации вычислений, предварительной и последующей обработке данных.

  • Текущая конфигурация и характеристики оборудования:

  • кол-во вычислительных узлов — 46;
  • общее кол-во доступных в вычислениях ядер x86-64 AVX — 1264;
  • общий объём памяти — 11.5 ТБайт;
  • кол-во ядер одного вычислительного узла — 24/32/64;
  • объём памяти одного вычислительного узла — 128/256/512ГБайт;
  • среда передачи данных — Mellanox FDR Infiniband 56Гбит/сек;
  • суммарная пропускная способность — 12Тбит/сек;
  • кол-во серверов хранения данных — 3;
  • суммарная емкость системы хранения — более 120ТБ;
  • общая производительность узлов AVX (816 ядер, тест HPL LINPACK) 12TFLOPS
  • общая производительность узлов AVX2 (448 ядер, тест HPL LINPACK) 11TFLOPS

  • Дополнительное оборудование:

  • система бесперебойного электропитания: 3 ИБП Eaton Powerware 9355 (2×30 кВА);
  • система охлаждения: прецизионные кондиционеры DeLonghi Performer DXO29 (2×29 кВт);
  • Вспомогательная сеть: коммутаторы Hewlett-Packard ProCurve 25xx (2×48 GbE).

  • Системное программное обеспечение:

  • операционная система Ubuntu Linux LTS 14;
  • Mellanox OFED;
  • OpenMPI 1.6.5.

  • Основные используемые компиляторы и библиотеки:

  • gcc, g++, gfortran;
  • FFTW (Fast Fourier Transform library);
  • ATLAS (Automatically Tuned Linear Algebra Software);
  • ScaLAPACK (Scalable Linear Algebra PACKage);
  • Intel Fortran/C/C++ Composer XE;
  • Intel MKL (Math Kernel Library).

  • Прикладное программное обеспечение:

  • VASP 5.x.x;
  • Wien2k;
  • Gaussian09;
  • Crystal 14;
  • Quantum Espresso;
  • Siesta;
  • DFTB+;
  • cp2k;
  • cpmd;
  • gulp.

  • Вспомогательное программное обеспечение:

  • SLURM (система управления ресурсами);
  • Ganglia (система мониторинга загрузки).