Лаборатория параллельных вычислений
Деятельность лаборатории параллельных вычислений Международного научно-исследовательского центра по теоретическому материаловедению заключается в создании и дальнейшем развитии вычислительного кластера «Цеолит», оптимизированного для решения вычислительных задач квантовой физики и химии кристаллов, что включает в себя:
планирование закупок вычислительной техники, сетевого, электротехнического и охладительного оборудования, контроль выполнения заявок и монтажных работ;
монтаж, подключение, тестирование, диагностика серверного и сетевого оборудования, взаимодействие с поставщиками по вопросам гарантийной замены;
установку, настройку и обновление встроенного (firmware), системного (ОС) и вспомогательного (системы управления ресурсами и мониторинга загрузки кластера) программного обеспечения (ПО);
установку, настройку, при необходимости — компиляцию и оптимизацию прикладного ПО (программ, библиотек);
консультативную помощь использующим кластер сотрудникам в организации вычислений, предварительную и последующую обработку данных.
Текущая конфигурация и характеристики оборудования:
кол-во вычислительных узлов — 54;
общее кол-во доступных в вычислениях ядер x86-64 AVX/AVX2 — 1520;
общий объём памяти — 15 ТБайт;
кол-во ядер одного вычислительного узла — 24/32/64;
объём памяти одного вычислительного узла — 256/512ГБайт;
среда передачи данных — FDR Infiniband 56Гбит/сек;
суммарная пропускная способность — 12Тбит/сек;
сеть системы хранения — Ethernet 10Гбит/сек;
суммарная пропускная способность — 1.2Тбит/сек;
кол-во серверов хранения данных — 7;
суммарная емкость системы хранения — более 120ТБ;
общая производительность узлов AVX (816 ядер, тест HPL LINPACK) 12TFLOPS
общая производительность узлов AVX2 (704 ядер, тест HPL LINPACK) 18TFLOPS
Дополнительное оборудование:
система бесперебойного электропитания: 3 ИБП Eaton Powerware 9355 (2×30 кВА);
система охлаждения: прецизионные кондиционеры DeLonghi Performer DXO29 (3×29 кВт);
Вспомогательная сеть: коммутаторы Hewlett-Packard ProCurve 25xx (2×48 GbE).
Системное программное обеспечение:
операционная система Ubuntu Linux LTS 16;
Mellanox OFED;
OpenMPI 1.6.5, 1.8.8, 2.0.2, 3.1.0
Основные используемые компиляторы и библиотеки:
gcc, g++, gfortran;
FFTW (Fast Fourier Transform library);
ATLAS (Automatically Tuned Linear Algebra Software);
ScaLAPACK (Scalable Linear Algebra PACKage);
Intel Fortran/C/C++ Composer XE;
Intel MKL (Math Kernel Library).
Прикладное программное обеспечение:
VASP 5.x.x;
Wien2k;
Gaussian09;
Crystal 14;
Quantum Espresso;
Siesta;
DFTB+;
cp2k;
cpmd;
gulp.
Вспомогательное программное обеспечение:
SLURM (система управления ресурсами);
Ganglia (система мониторинга загрузки).
